バックアップ失敗の原因

FAT32はファイルサイズが4GiBまでだったから。40GBのハードディスクをバックアップしたければ、フォーマットしなおす必要があるようだ。
ext3だと設定によって最大ファイルサイズが16GiBから2TiBまで変わるらしい。ext4なら16TiBまで。